Ο Γιάννης Μπουτάρης απαντώντας στο σχόλιο του Σταύρου Καλαφάτη, πως ο «Τσίπρας έδωσε την ευλογία του στον Μπουτάρη» έκανε γνωστό πως στο παρελθόν έχει ψηφίσει μια φορά και Νέα Δημοκρατία, δίχως ωστόσο να πει ποια χρονιά έγινε αυτό.
Είναι κάτι που ο Μπουτάρης για πρώτη φορά αποκαλύπτει. Δηλώνει συνήθως «πιο πασόκος από τους πασόκους» και ήταν στο ευρωψηφοδέλτιο του ΠΑΣΟΚ το 2004. Το 2002 εκλέχθηκε δημοτικός σύμβουλος με το ψηφοδέλτιο του ΚΚΕ, ήταν ιδρυτικό στέλεχος της Δράσης του Στέφανου Μάνου και συμμετείχε στις ευρωεκλογές του 2009, έχει δηλώσει πως έχει ψηφίσει ΔΗΜΑΡ και πως του αρέσει και το Ποτάμι.
Ήδη ενόψει των εκλογών του 2019 έχει λάβει τη στήριξη απο τον ΣΥΡΙΖΑ και το Κίνημα Αλλαγής.