Και νομικούς καυγάδες έχει προκαλέσει η δικογραφία της Novartis και η νομική διαδικασία που ακολουθήθηκε. Μάλιστα ο πρώην υπουργός δικαιοσύνης Χαράλαμπος Αθανασίου, επί υπουργίας του οποίου ψηφίστηκε ο νόμος για τους προστατευόμενους μάρτυρες με τη νέα του μορφή, υποστηρίζει ότι η εισαγγελέας διαφθοράς Ελένη Τουλουπάκη, που ανακήρυξε τους τρεις μάρτυρες της υπόθεσης της φαρμακοβιομηχανίας σε προστατευόμενους, έχει υποπέσει -ηθελημένα ή αθέλητα- σε ένα μεγάλο νομικό σφάλμα.
Ο κ. Αθανασίου σημειώνει πως στην προσθήκη που έκανε ο ίδιος το 2014 όταν ήταν υπουργός δικαιοσύνης στο νόμο Βενιζέλου του 2001, για να μπορέσει κάποιος να μπει σε καθεστώς προστατευόμενου μάρτυρα δεν αρκούσε μόνο η πρόταση του εισαγγελέα πρωτοδικών διαφθοράς (στην προκειμένη περίπτωση της κ. Τουλουπάκη), αλλά χρειάζεται η έγγραφη άδεια του εισαγγελέα διαφθοράς του Αρείου Πάγου. Κάτι που στην περίπτωση των μαρτύρων της Novartis δεν έχει γίνει.
Επομένως όπως υποστηρίζει ο κ. Αθανασίου όλες οι καταθέσεις των μαρτύρων είναι άκυρες και οι εμπλεκόμενοι, τα πολιτικά πρόσωπα που κατηγορήθηκαν από αυτούς, θα ζητήσουν την άρση του καθεστώτος προστατευόμενου μάρτυρα και την αποκάλυψη της ταυτότητας τους.