Σοβαρά ζητήματα νομιμότητας της δικαστικής έρευνας για την υπόθεση Novartis συνιστά, σύμφωνα με τον Ευάγγελο Βενιζέλο, το γεγονός ότι δεν συμπεριλαμβάνονται στη δικογραφία κρίσιμα έγγραφα.
Όπως αναφέρει ο κ. Βενιζέλος σε επιστολή του προς τον πρόεδρο της Βουλής Νίκο Βούτση, πρόκειται για πράξη της εισαγγελέως Εγκλημάτων Διαφθοράς για τον χαρακτηρισμό των τριών μαρτύρων ως μαρτύρων δημοσίου συμφέροντος («προστατευομένων») και έγκριση του αρμόδιου αντιεισαγγελέα του Αρείου Πάγου που εποπτεύει.
Ο κ. Βενιζέλος προσθέτει ότι λείπουν και τα έγγραφα που εστάλησαν στις ΗΠΑ και στα οποία απάντησαν οι αμερικανικές αρχές.